اگر ماده هدف مغناطیسی باشد، اثر مگنترون به طور قابل توجهی کاهش می یابد زیرا خطوط میدان مغناطیسی توسط ماده هدف محافظت می شود و عبور از آن برای تشکیل یک میدان مغناطیسی در بالای سطح ماده مورد نظر دشوار است. در نتیجه، زمانی که با پاشش مواد مغناطیسی، میدان مغناطیسی هدف مگنترون باید از یک سو قوی‌تر باشد و از سوی دیگر ماده هدف باید نازک‌تر شود تا خطوط میدان مغناطیسی از آن عبور کرده و اثر مگنترون را در بالای سطح هدف ایجاد کنند.
با توجه به منبع تغذیه مورد استفاده، تجهیزات کندوپاش مگنترون را می توان به طور کلی به کندوپاش DC و کندوپاش فرکانس رادیویی جدا کرد. در طول کندوپاش مگنترون DC یک ولتاژ DC بین بستر آند و هدف کاتد ارائه می شود. تحت تأثیر میدان الکتریکی، کاتیون هدف را بمباران می کند و سرعت کندوپاش آن اغلب بسیار زیاد است. با این حال، کندوپاش DC اغلب فقط برای اهداف فلزی استفاده می شود زیرا با اهداف عایق، به اصطلاح "مسمومیت هدف" ایجاد می شود. با تجمع ذرات مثبت روی سطح هدف، که منجر به کاهش سرعت کندوپاش می شود. اصل کندوپاش مگنترون به شرح زیر است: همانطور که الکترون ها شتاب می گیرند و تحت تأثیر میدان الکتریکی به سمت بستر پرواز می کنند، با اتم های آرگون برخورد می کنند و یونیزه می شوند. تعداد زیادی از اتم‌ها و الکترون‌های آرگون که این کار را انجام می‌دهند. تحت تأثیر میدان الکتریکی، یون‌های آرگون بمباران هدف را تسریع می‌کنند و بسیاری از اتم‌های هدف را پراکنده می‌کنند. سپس اتم‌های هدف (یا مولکول‌های) خنثی روی بستر رسوب می‌کنند تا یک فیلم تشکیل دهند. همانطور که آنها شتاب می‌گیرند و به سمت زیرلایه پرواز می‌کنند، الکترون‌های ثانویه در ناحیه پلاسما نزدیک سطح هدف توسط نیروی مغناطیسی لورن میدان مغناطیسی محدود می‌شوند. .
این ناحیه دارای تراکم پلاسمایی بسیار بالایی است. میدان مغناطیسی در اطراف الکترون های ثانویه است. سطح هدف به صورت دایره ای می چرخد. مسیر حرکت الکترون بسیار طولانی است. در حین حرکت به طور مداوم با اتم های آرگون برخورد می کند که باعث می شود تعداد زیادی از یون های آرگون یونیزه شده و مواد مورد نظر را بمباران کنند. انرژی الکترون ها پس از چندین برخورد به طور پیوسته کاهش می یابد و آنها را از خطوط مغناطیسی محدودیت های نیرو رها می کند. در نهایت پس از خارج شدن از هدف بر روی بستر رسوب می کند.
